番茄种子消毒处理有两种方法，(1)温汤浸种，即称用清水浸泡种子1～2小时，然后捞出把种子放入55摄氏度热水，维持水温均匀浸泡15分钟，之后再继续浸种3～4小时。温汤浸种时，一般是一份种子，二份水；要不断、迅速地搅拌，使种子均匀受热，以防烫伤种子；三是要不断加热水，保持55摄氏度水温。可以预防叶霉病、溃疡病、早疫病等病害发生。　　
    (2)磷酸三钠浸种，即先用清水浸种3～4小时，捞出沥干后，再放入10%的磷酸三钠溶液中浸泡20分钟，捞出洗净。这种方法对番茄病毒病有比较明显的效果。 
    将土豆块茎冷冻后再缓缓解冻，然后榨汁，把番茄种子在土豆汁中浸泡一夜，次日，将一块没有绒毛的厚布蘸上汁，把浸泡过的种子松散地放在上面，使种子相互不接触，再用聚乙烯薄膜盖上以免干燥，但需保持透气，然后把它们放在温暖的地方(不能加温)，种子发芽后，插入土壤进行育苗，采用这种催芽法可比普通发芽的番茄提早成熟2～3周。