发生动物传染病后，环境病原数量大幅增加，疫病传播流行会更加迅速，为了控制疫病传播流行及危害，需要更加严格的消毒。疫情活动期间消毒是以消灭病畜所散布的病原为目的而进行的消毒。病畜禽所在的畜禽舍、放养场地、排泄物、分泌物及被病原微生物污染和可能被污染的一切场所、用具和物品等都是消毒的重点。在实施消毒过程中，应根据传染病病原体的种类和传播途径的区别，抓住重点，以保证消毒的实际效果。在实际工作中，不少农户对消毒工作不重视，不按兽医专业人员指导的消毒程序和方法进行消毒，因此给疫病的扑灭和防制工作带来很大的难度。 
发生疫情后，农户的消毒工作要做到以下几点：
    1、对所有病死畜禽无害化处理。病死的畜禽体内含有高致病性病毒，如果不将这些病原根除，让病畜禽扩散流入市场，势必造成高致病性、恶性病毒的传播扩散，同时可能危害消费者的健康。为了保证消费者的身体健康和使疫病得到有效控制，相关技术规程要求对病死畜禽严格采取“不得宰杀、不得出售、不得食用、不得转运，进行无害化处理”的“四不准一处理”处置措施，必须对病死畜禽进行焚烧深埋无害化处理。畜禽尸体需要运送时，应尽量使用防漏容器，须有明显标志；运送车辆、工具运送后应使用消毒药严格消毒和清洗。
    2、对于畜禽排泄物和被污染或可能被污染的垫料、饲料等物品均需进行无害化处理。畜禽排泄物和其它被污染或可能被污染的垫料、饲料等物品，也是高带毒的，也应进行相应的无害化处理。粪便消毒可采用掩埋法或生物热消毒法进行处理。掩埋法：对数量不多的一般动物传染病病畜的粪便、污物、残余饲料等，可挖1米以上深坑掩埋；生物热消毒法：粪便较多的农户要将畜圈内的粪便除到外面堆积在一起上面用塑料布盖上。
    3、畜禽舍消毒。对发病的畜舍地面、墙壁、门窗、饲槽等或所有病畜停留或经过的道路用20%生石灰水溶液（澄清溶液）、消毒灵溶液、10％火碱溶液，或5％甲醛溶液等全面消毒，每天一次。
    4、其他用具、设备、车辆用消毒灵溶液、15％漂白粉溶液、5％的氢氧化钠溶液等喷洒消毒。 
    5、农户门前设一消毒池，出入人员脚踏消毒液。消毒池内放入消毒灵溶液，或20%生石灰水，3天更换一次消毒液。
    6、放牧牛羊，应对牛羊集中饮水点水源及环境、集中栖歇点环境选用20%生石灰水溶液等进行严格消毒